크리스챤아카데미는 1957년부터 시작한 기독교의 사회참여를 위한 대화모임인 ‘한국기독교사회문제연구소’를 모체로, 1965년 5월에 설립되었고, 2000년부터는 부설기구로 전환하여 2003년까지 사업을 전개했다.
 
2015년 10월 30일, 크리스챤아카데미는 새로운 출범식을 갖고, 본 재단의 토대인 교회와의 관계를 더욱 튼실히 하며 ‘교회갱신을 통한 사회개혁’이라는 설립목적을 창조적으로 계승하기로 했다. 이제 크리스챤아카데미는 지난 50년간 한국역사에서 크게 기여한 아카데미운동의 고귀한 전통을 이어받아 목회자와 신학생, 평신도의 창의적인 배움터를 이룸으로, 한국교회의 변화와 발전에 기여할 새로운 지도력을 세우며, 건강한 시대정신을 세워 우리 사회의 개혁에 동행하고자 한다.